Сюжет аниме разворачивается после событий первой части. Главный герой Наруто Узумаки возвращается в родную деревню после длительного обучения у мастера Джираи. К команде присоединяется новый персонаж Сай, который заменяет временно выбывшего Саске. Вместе с Сакурой Харуно они получают задание отправиться в Деревню Песка для помощи Гааре, который занимает пост Кадзэкаге. В этот период активизируется организация Акацуки, члены которой ставят целью сбор всех хвостатых зверей. Один из таких зверей