В результате внезапного нападения из космоса удалось спасти только одного человека — молодую девушку, которая стала единственным свидетелем вторжения. Она раскрыла истинную сущность трёх дигимонов, последних защитников цифровой реальности. Остальные цифровые существа и люди подверглись воздействию ядовитых шипов, превращающих их в бессильные жертвы. Каждая атака этого оружия заключает пострадавшего внутри прозрачного кокона, лишая его возможности к сопротивлению. Зловещий Аргомон, порождённый

Человечество столкнулось с угрозой, источником которой является нигилизм. Эта философия порождает монстров, называемых «благословителями». Существа появляются из иного измерения, известного как мир нигилизма. Для борьбы с ними был создан Союз человечества, однако его оборонительные возможности оказались недостаточными. Основной фронт сопротивления проходит через Шачжоу — континентальную границу, которая стала последним рубежом между людьми и монстрами. Шачжоу представляет собой пустынную

Старшеклассница Ку Сиратори учится в Академии, расположенной в крупном мегаполисе. Город восстановился после продолжительного периода трудностей, и Академия воспринимается как символ этого возрождения. В повседневной жизни Ку периодически видятся сцены из её снов, в которых загадочный принц предлагает отправиться в путешествие. Во время школьного фестиваля этот принц, Кёсиро Аянокодзи, появляется в реальности. Появление Кёсиро меняет привычный уклад жизни Ку. Он обращается к ней с предложением